模拟与计算：分子对接分析
来源：未知 时间：2025/02/18 作者：admin2021
这篇Analytical Chemistry文章发表于2024年12月；文章的第一作者为Junyang Chen，通讯作者为Wei Li，工作单位为郑州大学基础医学院。该研究通过针对FAP蛋白糖基化的适配体筛选策略，成功开发出一种基于双适配体的表面增强拉曼散射（SERS）免疫夹心测定法，实现了对FAP的高灵敏度和高选择性检测，为癌症诊断提供了一种新的、高效且具有临床应用潜力的检测方法。
这篇论文中的模拟与计算部分主要集中在分子对接分析，旨在揭示适配体与FAP蛋白之间的可能结合区域和相互作用机制。通过分子对接模拟，研究者能够预测适配体与FAP蛋白的结合模式，并为实验结果提供理论支持。 揭示结合机制：通过分子对接分析，研究者希望了解适配体Seq2T与FAP蛋白之间的具体结合位点和相互作用模式。 验证筛选结果：分子对接结果可以验证通过SELEX筛选得到的适配体是否能够特异性识别FAP蛋白的糖基化位点 适配体结构预测：使用Multiple Em for the Motif Elicitation（MEME）工具预测适配体的可能结构域（motif），并结合二级结构预测软件生成适配体的二级结构。 分子对接工具：使用HDOCK网络服务进行分子对接模拟。HDOCK是一种基于蛋白质-核酸相互作用的在线对接工具，能够预测核酸适配体与蛋白质之间的结合模式。 结构优化：通过将G-四链体结构纳入预测算法，进一步优化适配体的二级结构预测，使其更接近实际的结合状态。 结合位点：分子对接结果显示，适配体Seq2T与FAP蛋白的结合位点主要集中在FAP的糖基化位点附近（如ASN92和ASN314位点），这与实验结果一致。 关键残基：参与结合的关键残基包括FAP蛋白的LYS96、ASN99、LYS120、LEU121、VAL282、SER288、ARG324和THR329，以及适配体Seq2T的G22、G23、G27、C28、C43、G44、A45和G46。 结合模式：分子对接模型表明，适配体Seq2T通过其G-四链体结构与FAP蛋白的糖基化位点附近的残基形成稳定的相互作用，从而实现特异性识别。
图3（D）：展示了适配体Seq2T与FAP蛋白的分子对接模型，详细标注了参与结合的关键残基。图中显示了适配体Seq2T与FAP蛋白的结合位点主要集中在FAP的糖基化位点附近（ASN92和ASN314位点）。参与结合的关键残基包括FAP蛋白的LYS96、ASN99、LYS120、LEU121、VAL282、SER288、ARG324和THR329，以及适配体Seq2T的G22、G23、G27、C28、C43、G44、A45和G46。这些残基的相互作用为适配体的特异性识别提供了理论依据。
过分子对接分析，研究者不仅揭示了适配体与FAP蛋白之间的结合机制，还验证了通过SELEX筛选得到的适配体能够特异性识别FAP蛋白的糖基化位点。这些模拟结果为实验设计和适配体优化提供了重要的理论支持，有助于进一步开发基于适配体的高灵敏度和高选择性的检测方法。
